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段木基质变质主要是装袋时气温较高，装袋后放置时间过长，没有及时灭菌；料袋灭菌时升温时间过长；段木基质水份含量过大，均可造成段木基质变性发酸等。塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
采用高压灭菌的，升火前应打开放气阀门，当水蒸气大量喷发时，关闭放气阀，加大火力，当压力表盘为0.15帕次放气时开始计时，在此气压下持续4个小时即可停火。当压力表降至0帕时，打开放气阀排气，把压力锅门打开自然降温。采用常用灭菌的，在蒸笼底部一角放一支温度计，升火后温度至100°C时开始计时，维持12个小时后停火，闷上一夜，然后打开蒸。当料温降至40°C时，移入接种袋或接种箱中，然后放入酒精、棉塞、包扎带、气雾消毒盒、火机、接种钩、菌种，菌种用百菌清或5%水浸洗，同时有红、绿、黄等色杂菌的菌种，每四筒料放一包菌种。一切就绪后封闭接种箱，点燃消毒盒20分钟后可实现接种，接种时操作人员预先用75%酒精消毒双手，然后小心伸入接种箱中，从尾部撕开种袋接种，种头接近棉塞处的表皮种 弃之不用。地养室培养，此时培养室温度保持24~30°C,12小时后种子开始萌发吃料，20天后当菌丝长至筒料一半时，把接种端袋口稍稍打开通气培养，菌丝长满后，零星出现原基时，进入菌棚排场管理。
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